Areál Jindřichohradeckého hradu a zámku, který se během staletí rozrostl do plochy dnešních tří a půl hektarů má své počátky na místě staršího slovanského hradiště, vzniklého v 10. století na skalnatém ostrohu nad soutokem řeky Nežárky a Hamerského potoka. Mělký údolní zářez potoka byl již v nejstarší době využit pro uměle přehrazenou vodní nádrž – pozdější rybník Vajgar, sloužící k obraně této důležité pevnosti. 
Stavba středověkého hradu , nazývaného v nejstarší historické zprávě z r. 1220 „Novum castrum“ (Nový hrad), je spjata se jménem Jindřicha Vítkovce, zakladatele samostatné Vítkovské odnože pánů z Hradce užívající erbu se zlatou růží v modrém poli. Tehdy vznikla okrouhlá Černá věž a navazující palác. Pánům z Hradce sloužil hrad, později rozšířený ve velkorysý zámek, jako hlavní sídlo až do vymření rodu roku 1604. Příslušníci rodu ovlivňovali podstatně veškeré hospodářské, politické i kulturní dění v této oblasti a téměř v každé generaci zastávali i významné funkce na královském dvoře. Význam rodu pánů z Hradce se projevil i v postupném rozšiřování sídla z pevného románsko gotického hradu v monumentální, výtvarně náročně řešenou a dokonale opevněnou gotickou pevnost. 
V druhé polovině 16. století, za Adama II. z Hradce proběhla radikální přestavba hradu na reprezentativní zámek, podle vzoru výstavných paláců italské renesance. Z hradní pevnosti tak vzniklo přepychové sídlo, uspokojující nejnáročnější požadavky renesančního šlechtice. Pod vedením Baltazara Maggiho a dalších italských stavebníků bylo na třetím nádvoří postaveno Adamovo stavení, protější Španělské křídlo, obě tyto budovy propojily velké arkády a za nimi, jako koruna tehdejší stavební aktivity, vznikl v malé zahradě hudební pavilon Rondel. Touto velkorysou přestavbou byl stavební vývoj areálu v zásadě ukončen. Úpravy za dalších majitelů měly již jen dílčí charakter a renesanční podobu zámku téměř nepoznamenaly. 
S poslední členkou rodu pánů z Hradce se r. 1602 oženil Vilém Svatava z Chlumu a na Košumberce a po smrti jejího bratra Jáchyma Oldřicha r. 1604 se stal dědicem rozsáhlého panství i titulu „ vladař domu hradeckého“. V českých dějinách proslul jako královský místodržící, svržený roku 1618 při tzv. druhé pražské defenestraci z okna Pražského hradu. 
Během devadesáti let slavatovské držby zámek nezaznamenal významnější stavební úpravy. Pouze v letech 1678 – 1696 bylo postaveno druhé arkádové křídlo u Rondelu a před ním byla osazena zahradní kašna. 
Sňatkem s Marií Josefou Slavatovou, které připadl Jindřichův Hradec jako dědický podíl, jej získal r. 1693 Heřman Jakub Černin z Chudenic. Výkon důležitých státních funkcí i vztah k panovnickému rodu Habsburků přiváděl za prvních Černínů do Jindřichova Hradce významné návštěvy členů císařského dvora i dalších představitelů evropského politického dění. 
Za Černínů proběhly poslední větší stavební úpravy zámku, týkající se kaple. V letech 1709 – 1735 byla gotická hradní kaple barokně přestavěna podle projektu F.M.Kaňky. 
V roce 1773 postihl zámek i město rozsáhlý požár, který zničil podstatnou část renesančních interiérů i s uměleckými sbírkami. Provizorně zastřešený a svými pány opuštěný zámek dál chátral. Byl využíván jako hospodářské středisko panství, z velkých arkád byly zřízeny stáje, Rondel sloužil jako dřevník, sklad zvěřiny i jako chlév. 
Teprve vlna romantismu přinesla nový zájem o záchranu zámku. Z Černínského paláce byl r. 1851 převezen do upravených prostor zámku rodový archiv, který se stal základem dnešního Státního oblastního archivu, dodnes sídlícího na druhém zámeckém nádvoří. Počátkem 20. století realizoval částečné opravy a úpravy vídeňský architekt Humbert Walcher z Moltheimu, ale některé části zámku zůstaly nadále neopravené. 
Černínům patřil zámek až do r. 1945, kdy byl na základě dekretu prezidenta republiky č.12/1945 konfiskován. Špatný stav zámeckého komplexu se nadále zhoršoval, některé budovy hrozily zřícením. V r. 1976 byla zahájena generální rekonstrukce, která s přestávkami trvala sedmnáct let. Nákladem 120 milionů korun byl zámecký komplex zachráněn a v r. 1993 opět zpřístupněn veřejnosti.