Historie hradu Zvíkova je od počátku spjata s královským rodem Přemyslovců. První krok k založení pravděpodobně uskutečnil Přemysl Otakar I. (1197-1230), který roku 1226 vyměnil tzv. oujezd Oslovský, patřící do majetku kláštera v Doksanech, za šest jiných vesnic. Získal tak do vlastnictví i skalnatý ostroh, na kterém byl hrad vybudován. Zvíkov patří k nejpřednějším stavbám české středověké světské architektury. Nejprůkazněji je historie postupného budování doložena za vlády Václava I. (1230-1253). Roku 1234 musel být již hrad zčásti vystavěn, protože je v písemných pramenech uveden jako jeho purkrabí Konrád z Janovic. Král Václav I. často a rád pobýval na Zvíkově. Když v červenci 1247 mladý kralevic Přemysl Otakar zdvihl proti svému otci odboj, zůstal Václavovi I. věrný pouze hrad Zvíkov spolu s Loktem a Mostem. Na Zvíkově také Václav I. přijal poselstvo odbojného syna a české šlechty, vedené pražským biskupem Mikulášem, a dal je uvěznit ve věži. V další výstavbě hradu pokračoval jeho syn Přemysl Otakar II. (1253-1278), který šťastně zvolil za purkrabího Hirzu, jehož jmenoval na Zvíkov roku 1250. Tehdy začala na Zvíkově hlavní výstavba tzv. královského paláce a opevnění. Stavební huť budující Zvíkov pracovala zároveň i na dalších stavbách v královském městě Písku a v Myšenci. 
Roku 1306 vymřel rod Přemyslovců po meči a hrad byl podstoupen Jindřichu z Rožmberka. Největší slávu získal hrad za vlády Karla IV.(1346-1378), který jej dal důkladně opravit a rád v něm i pobýval. Do dostavby hradu Karlštejna sloužil Zvíkov i jako dočasné útočiště korunovačních klenotů. Ztrátou této výlučnosti klesl význam Zvíkova jako předního královského hradu a ten začal často měnit majitele. V zástavním držení se vystřídaly především dva mocné rody – páni z Rožmberka a páni ze Švamberka. 
V husitských válkách byl hrad roku 1429 obléhán Tábory (v té době byl hrad v držení císaře Zikmunda), nebyl však dobyt. Roku 1437 získal hrad opět Oldřich z Rožmberka, vůdce katolické šlechty. Charakter královského hradu si Zvíkov udržel až do třetí třetiny 16. století, kdy byl prodán pánům ze Švamberka (v roce 1575 byl zanesen prodej Maxmiliánem II. do Desek zemských). Švamberkové provedli na chátrajícím hradě rozsáhlé renesanční úpravy, které však původní charakter stavby nenarušily. Vynikající pevnostní systém hradu umožnil odolávat útočníkům i za třicetileté války. Teprve během roku 1622 se zvíkovská posádka vzdala přesile a hrad byl císařským vojskem vyrabován a zpustošen.
Roku 1623 získali hrad Eggenberkové a po jejich vymření roku 1719 přešel do vlastnictví Schwarzenbergů. Po rozdělení rodu na dvě větve (1790) přešel Zvíkov do vlastnictví mladší (tzv. sekundogeniturní) větve, zastoupené maršálem Karlem I. Schwarzenbergem, sídlícím na blízkém Orlíku. Teprve tehdy bylo přistoupeno k rozsáhlým zajišťovacím pracím: nejdříve byla opravena kaple a zachráněny pozdně gotické malby, ale stav zdiva královského paláce byl již natolik špatný, že se roku 1829 zřítila Nová brána, poté následoval sesuv části paláce nad řekou. Proto byla po roce 1880 zahájena rekonstrukce královského paláce i hradeb. Původní kamenné prvky mají lehce narůžovělou barvu a jsou od nově vsazených částí snadno rozeznatelné. Práce byly ukončeny na přelomu 19. a 20. století a Zvíkov se stal opět skvostem českého stavitelského umění. Hrad zůstal majetkem Schwarzenbergů do roku 1948.